暗之洋光


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快速绘制发表级图片ggplot2智能版ggpubr包学习总结

发表于 2019-11-15 | 分类于 生信分析
软件简介Hadley Wickham编写的ggplot2是出色且灵活的作图软件包,可用于R中的优雅数据可视化。ggplot2默认生成的绘图需要进行一些格式化,才能作出发表级别的图片质量。另外,要自定义使用ggplot,但其语法是不透明的,这对没有熟练R编程技能的用户增加了难度。“ ggpubr”软件 ...
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2019-11-11-NATURE IMMUNOLOGY-通过整合单细胞转录组和流式细胞术确定类风湿关节炎关节滑膜组织的炎性细胞状态

发表于 2019-11-11 | 分类于 文献追踪
文章信息1234标题:Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytome ...
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2019-11-07-cell-正常和白血病中骨髓基质的细胞分类学

发表于 2019-11-11 | 分类于 文献追踪
文章信息123标题:A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia期刊:Cell日期:June 13,2018 通讯作者介绍 实验室重点研究血液以其微环境或利基造血干细胞的特殊调控,结合了遗传学,影 ...
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液滴微流控获取单细胞及Drop-seq_tools分析流程

发表于 2019-07-24 | 分类于 生信分析
简介  单细胞领域目前算是进入白热化的阶段,自09年第一篇单细胞文章发表已经度过了10个年头,在通量和成本做到较好的平衡是Department of Genetics, Harvard Medical School,mccarroll实验室15年开发的基于液滴微流控系统生成单细胞 ...
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生物统计与R语言(1)

发表于 2019-06-10 | 分类于 生信分析
简介  生物统计学是生物数学中最早形成的一大分支,它是在用统计学的原理和方法研究生物学的客观现象及问题的过程中形成的,生物学中的问题又促使生物统计学中大部分基本方法进一步发展。生物统计学是应用统计学的分支,它将统计方法应用到医学及生物学领域,对于生物医学领域科研人员及在读学生,理 ...
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eLIFE-单细胞转录组学揭示果蝇中脑的细胞多样性

发表于 2019-05-28 | 分类于 文献追踪
文章信息123标题:Cellular diversity in the Drosophila midbrain revealed by single-cell transcriptomics期刊:eLife日期:19 April 2018 通讯作者介绍Scott是Wellcome Trust基础生 ...
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2019年人类细胞图谱计划(HCA)日本会议

发表于 2019-05-23 | 分类于 生信分析
  2019年HCA会议于五月23日,24日在日本举行,届时领域内知名科学家共聚一堂,探讨单细胞技术的发展,遇到的挑战及解决方案,是单细胞领域的一场盛宴。油管网站提供全程直播及后续录播服务,点击下方Video可直达视频地址(需科/学/上/网)。 Day 1, Main HallV ...
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换个姿势标准化单细胞数据

发表于 2019-05-22 | 分类于 生信分析
简介  由于单细胞数据的高维度,基因长度差异,覆盖度差异及实验过程中的偏好性等因素,对前期数据进行有质量的标准化,对后续分析结果解读至关重要。标准化的分析比较多,对于常规的群体RNA分析而言,各种软件包也有相应的标准化方式,基因的定量也有RPKM ,TPM等标准化指标,单细胞数据 ...
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单细胞数据整合分析哪家强?

发表于 2019-05-21 | 分类于 生信分析
简介  目前单细胞数据分析有不少的挑战,比如稀疏矩阵,超高维度数据降维,批次效应校正,聚类算法的选择,多组学数据整合等挑战。有需求就需要造轮子,当前也有了部分工具可以处理部分挑战,但准确性还需要具体评估,本篇文章介绍实操整合多个批次数据工具SeuratV3中嵌合的整合算法处理官网 ...
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单细胞分析利器-SeuratV3简介及实操

发表于 2019-05-17 | 分类于 生信分析
Seurat简介  Seurat—几乎是当前单细胞RNA-seq分析领域的不可或缺的工具,特别是基于10X公司的cellrange流程得出的结果,可以方便的对接到Seurat工具中进行后续处理,简直是带给迷茫在单细胞数据荒漠中小白的一眼清泉,相对全面的功能,简洁的操作命令,如丝般 ...
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