简介
工欲善其事必先利其器,老祖宗留下的话大多数都是经典。之前看文献不多,手动整理文献已经满足条件。上次系统利用专门的文献管理软件endnote还是写本科毕业论文的时候,用来插入参考文献。其实endnote的更强大的功能是文献管理,插入文献只是其中的一小部分。随着阅读文献的越来越多,手动管理渐渐无法满足条件,重新捡起老工具利用新功能管理文献,并作常用的功能介绍。
我选用的是MAC版本的Endnote9,傻瓜式安装完成开始使用,构建自己的library库。
数据库下载
在数据库中下载文献索引,并导入endnote。比如在NCBI中查找single cell ATAC-seq关键词,检索到多个相关文献。
点击界面中的Send to,在弹出的菜单中点击File,之后在Format菜单中点击MEDLINE,再点击Create File。这样PubMed就会自动下载一个文本文件到本地电脑,文件默认名字是pubmed_results.txt。这里需要注意的是,在Format中一定要选择Medline,千万不要选其它格式。
先点击File Import 后面那个options,选中刚才从PubMed中下载下来的txt文件。记住在Import Option中一定要选择PubMed (NLM),有时这个地方默认的不是PubMed(NLM),则需要在下拉菜单中找到Other Filters,之后再在众多的选项中找到PubMed(NLM)
导入后全选所有信息,然后右键点击find full text,他就可以自动获取全文,比较耗时,可以吃个零食,喝杯咖啡,静候完成。当然对于非开放阅读期刊文章可能会获取不到,需要手动在scihub上获取然后手动添加到索引中。
Encode另一个的优点是对中文文献的友好支持,在中国知网可以下载到endnote对应的格式信息,方便后续插入文献。
PDF文献导入
也许你已经下载了很多的文献,这些可以直接导入到Endnote的,但是你或许会遇到一些文献导入不能自动识别引用信息,需要手动处理。
选中不能识别的文献,右键选择编辑参考材料。
回到原来界面,然后更新参考材料即可.
还有一个比较实用的文献阅读管理技巧,可以根据个人情况标注文献的重要等级,以便后续重复阅读,方便查找。