CR-单细胞水平研究人类睾丸细胞图谱
123标题：The Neonatal and Adult Human Testis Defined at the Single-Cell Level期刊：Cell reports日期：FEBRUARY 05, 2019
这篇文章算是比较中规中矩的单细胞研究某一器官图谱的文章形
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R-按照行名或列名删除对应的行列
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生信分析
项目需求 近期在处理单细胞项目数据，想对基因和read数构成的矩阵文件做进一步的处理，比如删除一些指定基因，删除一些指定细胞，查了一些材料并没发现合适的解决方案，所以有必要遂基于参考材料在具体描述一下这类数据处理方法。1234567891011#常规删除行列数据dataly&l
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bioRxiv-高通量单细胞染色质图谱研究人体免疫细胞发育和肿瘤内T细胞衰竭
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文献追踪
123标题：Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion期刊：biorxiv日期：April 18, 20
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seqkit-fa&fq文件处理利器
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生信分析
作为生信入门训练，我们常用perl python等脚本语言实现对基因组文件的处理，练习常规的文本文件处理。最近再做单细胞方面的技术开发，需要自己手动合成一个嵌合两种物种的基因组，且要配套对应的gtf文件。用于评估单细胞技术的双胞率。于是把seqkit这个由重庆第三军医大学Wei Shen 使用 go
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R语言生成word报告遇到的坑
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生信分析
背景需求对于生信分析而言，对结果的展示如何做到更方便合理，更好的与合作者沟通交流项目结果。能够自动生成一些可视化报告，成了科研狗的刚需，R语言提供了多种解决方案，比较常见的是markdown格式，可以友好生成网页版报告，但是对于后续科研文章撰写还存在不友好的问题。比如将结果统计表写到word里，我之
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知识改变命运的桥梁-能力
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心路历程
这两天坐车听到邻座交流知识改变命运的正解应该是知识转化为能力，能力才能改变命运，碰巧今天在知乎上看到“什么能力很重要，但大多数人却没有？”这个问题，看到点赞最多的回答感觉写的很不错，作为心路历程的一篇牛肉汤文收录在此，值得多次阅读。 开门见山，不卖关子，
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二次启用Endnote工具应对文献增量管理
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他山之石
简介 工欲善其事必先利其器，老祖宗留下的话大多数都是经典。之前看文献不多，手动整理文献已经满足条件。上次系统利用专门的文献管理软件endnote还是写本科毕业论文的时候，用来插入参考文献。其实endnote的更强大的功能是文献管理，插入文献只是其中的一小部分。随着阅读文献的越来
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生信类捕获信号peak图的美化进阶之路
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生信分析
对于评估单细胞捕获率，通常需要结合群体细胞技术，在同一区域查看单细胞信号捕获情况，直接上图了解一下。 对于这种图如何来做的呢？接下来将一步一步复现图片生成的过程。 首先需要选取合适的选区，比如在管家基因区域，或者你研究的这类细胞比较
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CR-单细胞转录组揭示乳腺癌治疗敏感性
筛选对EGFR抑制剂吉非替尼作用敏感的PDX个体，根据10x Genomics得到的单细胞转录组数据对细胞进行分群，细胞分为6个亚群，定位EGFR高表达的间叶细胞/干细胞分群，BRCA1突变的细胞系的间叶细胞/干细胞数值(M/S)较高。 论文的通讯作者I
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